Los filtros de combustible retienen los contaminantes no deseados en el combustible. Dejados sin atender, esos contaminantes pueden causar daños serios y costosos a muchos componentes del sistema, incluyendo bombas, líneas e inyectores. Los contaminantes del combustible vienen de muchas fuentes. Muchas fuentes son externas al sistema de combustible mismo, esto es, muchos contaminantes vienen con el combustible que llega al tanque. El combustible que viene de la refinería esta limpio. Los contaminantes en el diesel generalmente se introducen en el almacenamiento por mezclado, transferencia y almacenaje.

La contaminación del combustible es un hecho de la vida. Prevenir los problemas y daños al equipo causados por combustible contaminado es una responsabilidad del usuario final. Esas responsabilidades incluyen el reemplazo adecuado y oportuno de los filtros, la selección del suministro de combustible, el grado y la mezcla del mismo, así como el uso de calentadores, separadores y los aditivos que sean requeridos.

Los filtros de combustible, naturalmente generan una resistencia al flujo del combustible conforme ellos llevan a cabo su trabajo de remover contaminantes no deseados en el sistema de combustible. En los sistemas de combustible, a diferencia de los sistemas de lubricación, no tienen desvío (by-pass) y consecuentemente conforme el flujo de combustible a través del filtro disminuye puede resultar en un menor desempeño del sistema de combustible y del motor. Se espera que el filtro de combustible se tape durante su vida de servicio. Debe de investigarse el filtro y el suministro del combustible cuando se sospecha que el filtro está teniendo menor tiempo de vida de la normal.

Esos microorganismos viven en el agua y se alimentan de los hidrocarburos del combustible. Llamados abreviadamente Humbugs, esas activas y crecientes colonias pueden dispersarse a través del sistema de combustible y tapar rápidamente el filtro de combustible. El filtro puede llegar a tener una capa de limo sobre la superficie del medio filtrante reduciendo dramáticamente la vida de servicio del filtro. La bacterias pueden ser de cualquier color pero usualmente son negras, verdes o cafés. Drenar el sistema reducirá la actividad microbial pero no la eliminará. La única manera de eliminar el crecimiento microbial una vez que se ha iniciado es limpiar y tratar el sistema con un biocida.